防水シートを布団の上にのせて使ってもいいですか?

問題はありません。

ただし、防水シートは通気性がないため、熱がこもったり蒸れたりして寝心地が悪くなるかもしれません。
また、厚みがあるシートだとくぼみが浅くなりため、丸い姿勢に寝かせづらくなります。
赤ちゃんの様子を見ながら、室温調整やくぼみの調整を行うことをおすすめします。